GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı, 27 Ekim 1989 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ve 6 Kasım 1989 tarih ve 20334 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın Kuruluş ve Görevleri Hakkındaki 388 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile kurulmuştur.
Güneydoğu Anadolu Projesi kapsamına giren yörelerin süratle kalkındırılması, yatırımların gerçekleştirilmesi için plan, altyapı, ruhsat, konut, sanayi, maden, tarım, enerji, ulaştırma ve diğer hizmetleri yapmak veya yaptırmak, yöre halkının eğitim düzeyini yükseltmek için gerekli tedbirleri almak veya aldırmak, kurum ve kuruluşlar arasındaki koordinasyonu sağlamak üzere, Başbakanlığa bağlı hükmi şahsiyeti haiz ve on beş yıl süreli olarak kurulan Güneydoğu Anadolu Projesi Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı; Güneydoğu Anadolu Projesi Yüksek Kurulu ile Güneydoğu Anadolu Projesi Bölge Kalkınma İdaresi Başkanlığı'ndan (GAP İdaresi Başkanlığı) oluşmuştur.
GAP İdaresi Başkanlığı, GAP Yüksek Kurulu’nun sekretarya hizmetlerini yürütmekle de görevlendirilmiştir. Teşkilatın en yüksek karar organı olan ve GAP İdaresi tarafından hazırlanan her türlü plan, proje ve programları inceleyerek karara bağlayan GAP Yüksek Kurulu, Başbakan başkanlığında GAP'tan sorumlu Devlet Bakanı, Devlet Planlama Teşkilatı (DPT) Müsteşarlığı'nın bağlı olduğu Devlet Bakanı ile Bayındırlık ve İskan Bakanı'ndan oluşmuştur. 2002/56 sayılı Başbakanlık Genelgesi ile Tarım ve Köyişleri Bakanı da 2 Aralık 2002 tarihinden itibaren GAP Yüksek Kurulu'nun üyesi olmuştur. Gerektiğinde GAP Yüksek Kurulu'na, konuları ile ilgili olarak diğer Bakanlar da davet edilmiştir.
GAP İdaresi Başkanlığı Merkez ve Bölge olmak üzere teşkilatlanmıştır. Kuruluş Kararnamesi olan 388 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ve eki kadro cetvellerinde öngörüldüğü gibi; GAP İdaresi Başkanlığı bir Başkan ve iki Başkan Yardımcısı kadrosuyla yönetilmektedir. Bölge Müdürlüğü Teşkilatı ise Şanlıurfa ilinde konuşlandırılmıştır.
1997 yılından sonra 388 sayılı KHK’da yer alan bazı maddeler değiştirilmiş, bazı maddeler çıkarılmış veya eklenmiştir.
KHK’nın 1’inci maddesinde yer alan “hükmi şahsiyeti haiz ve 18 yıl” ibaresi “tüzel kişiliğe sahip ve 23 yıl” şeklinde değiştirilmiş ve aynı maddeye “Güneydoğu Anadolu Projesi Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın görev süresini uzatmaya Bakanlar Kurulu yetkilidir”
“GAP Bölge Kalkınma İdaresi Başkanlığı, GAP ile ilgili her konuda bilgi toplamada, planların hazırlanmasında ve uygulamanın izlenmesinde, bakanlıklar, kamu kurum ve kuruluşları, kamu iktisadi teşebbüsleri ve kamu kurumu niteliğindeki kuruluşlar ve sivil toplum kuruluşları ile yakın iş birliği içinde bulunur” ibaresi eklenmiştir.
18 Haziran 2008 tarih ve 26910 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 2008/11 sayılı Başbakanlık Genelgesi ile uygulamaya konulan GAP Eylem Planı’nın izlenmesi, değerlendirilmesi ve koordinasyonundan sorumlu kuruluş olarak da GAP Bölge Kalkınma İdaresi belirlenmiştir. Ayrıca oluşturulan “GAP Eylem Planı İzleme ve Yönlendirme Komitesi”nin başkanlığı ve sekretarya hizmetleri de GAP İdaresi’ne verilmiştir.
15 Ocak 2009 tarih ve 27111 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 2008/14535 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın Ankara’da bulunan merkezi 2 Mart 2009 tarihinde Şanlıurfa’ya taşınmıştır.
Kuruluşundan bu yana Başbakanlığa bağlı olarak çalışan GAP Bölge Kalkınma İdaresi Başkanlığı, 3046 sayılı Kanuna 3.6.2011 tarih ve 643 sayılı KHK ile eklenen 19/A maddesi uyarınca hazırlanan ve 8 Temmuz 2011 tarih ve 27988 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan Cumhurbaşkanlığı makamı onayına istinaden Kalkınma Bakanlığı’na bağlanmıştır. Aynı dönemde bölgesel gelişme alanında görevli kurum ve kuruluşlar arasında işbirliği ve koordinasyonu sağlamak üzere merkezi düzeyde temel karar ve istişare organları olarak Bölgesel Gelişme Yüksek Kurulu ve Bölgesel Gelişme Komitesi kurulmuştur. Kurumlara ilişkin mevzuat değişiklikleri (649 sayılı KHK’nın 56. maddesi) ile GAP Yüksek Kurulu da kaldırılmıştır.
GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın görev süresi 3 Ağustos 2012 tarih ve 28373 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 2012/3354 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 5 yıl daha uzatılmıştır.
8 Haziran 2016 tarih ve 29736 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 2016/8870 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın görev süresi 31.12.2019 tarihine kadar uzatılarak, İdare’nin görev süresi 30 yıl olmuştur.
9 Temmuz 2018 tarihli ve 703 sayılı KHK ile Sanayi ve Teknoloji Bakanlığına bağlanmıştır.
04 Ağustos 2023 tarih ve 32269 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 7471 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile İdarenin görev süresi 31.12.2028 tarihine kadar uzatılmıştır.